要认识这一问题，有必要先讨论一下关于食品“安全性”的概念。“经合发展组织”1991年将“安全”的食物定义为：如果能合理地肯定，在预期的条件下消费某食品不会有害，则该食品就被认为是安全的。
在如何对转基因生物作安全性评价，国际上有一个广泛接受和采用的“实质等同”原则。这一原则强调，评价转基因食品安全性的目的，不是要了解该食品的绝对安全性，而是评价它与非转基因的同类食品比较的相对安全性。在评价时注重“个案分析”，即对转基因食品的安全性不一概而论。
采用“实质等同”原则作“个案分析”，我们不难得出结论：现已批准商品化生产的转基因生物生产的食品都是安全的。例如，国际国内都是第一例批准上市的延熟保鲜的转基因番茄，转进去的外源基因的作用是产生反义mRNA部分抑制乙烯形成酶基因的活性，其本身没有可检测到的基因产物，即在番茄果实中没有任何添加成份，作为食品，它与非转基因的番茄同样安全。
另一个广泛关心的例子是抗虫植物。常听到有人问：抗虫转基因植物能毒杀昆虫，对人是否有毒？要回答这一问题，有必要解释一下抗虫基因的杀虫机理。
目前已培育出的转基因抗虫作物，大都带有一个苏云金芽孢杆菌（Bt）的杀虫蛋白基因。苏云金杆菌是自然界中普遍存在的一类细菌，其含有的杀虫基因已被作为生物杀虫剂广泛应用了60多年，国内外对其杀虫机理进行了比较透彻的研究。
Bt基因编码产生的杀虫蛋白存在于伴胞晶体中，当害虫取食后，在昆虫中肠的碱性（pH10－12）条件下晶体溶解产生原毒素，由中肠内酶系统的作用，释放出活性毒素，由毒素与昆虫中肠内特异的受体结合而产生毒杀作用。这一杀虫机理使得某一特定的Bt基因只对某一类昆虫有特异的毒杀作用。而哺乳动物的胃液为强酸性（pH1－2），而肠胃中也不存在与Bt毒素结合的受体，当Bt蛋白进入到哺乳动物肠胃中后，在胃液的作用下几秒钟之内全部降解。多年的研究已反复证实这种Bt毒蛋白对哺乳动物、鸟、鱼以及非目标昆虫无害。
美国多年大面积种植转基因抗虫的玉米、棉花，未出现过一例人畜中毒的报道。而且，现在的技术还允许转基因在特定的组织、特定的条件下表达，如培育抗螟虫水稻，可让植株仅在茎杆中、仅在受到昆虫取食时产生杀虫蛋白，在种子中不产生杀虫蛋白。因此，我们完全可以放心地食用转Bt基因的抗虫作物生产的食品。
有人担心吃了转基因食物，外源基因进入人体后会改变人的基因并遗传给后代。持这种担心的人不知道一个简单的事实，即每个生物细胞中都有几千至几万个基因，我们每吃一口食物都要吃进数亿个基因。人类社会生存、繁衍了数百万年，从来没有人担心食物中的动物、植物、微生物基因会影响人的遗传。
还有一个需要知道的事实是，近几年的大规模基因组测序发现，在动物、植物、微生物的基因组间，大量的基因存在同源性。换句话说，我们平常所说的动物、植物、微生物是指生物的整体而言，在基因的水平上看，很多基因都不是动物或植物所特有的。有人认为，自然的食品是安全的，而转基因食品来自人工修饰过的作物，是不安全的。这里有个严重的误解。
首先，遗传修饰并非自转基因开始，媒体普遍将转基因作物称为GMO（GeneticallyModifiedOrganism）——遗传修饰过的生物体，而不将传统作物品种称为GMO，本身就是一个概念错误，而且容易引起误会。作为我们食物的主要农作物，都经过了近万年的人工遗传修饰，修饰的基因数以千计，在人类的食物中很少还有“自然”食品。
其次，自然的不一定是安全的。自然界的大多数植物都不同程度地产生毒素，作为在进化过程中形成的一种防卫机制，来抵御那些危害它们的动物和昆虫。比如野生马铃薯中存在一种对人畜高度有毒的物质龙葵碱，由于人工的选择和改良，获得了无毒的马铃薯，即为现在生产种植的马铃薯。但在改良的过程中，也发现了较野生种更毒的类型。野生木薯带有致命的氰化物，甚至大豆也能引起胃痉挛。人类对动植物的几千年的改良已经大大减少了食物中的毒素水平，但众所周知，很多食品仍对人体有着不同程度的不良影响，人类的很多疾病都与食品有关。
此外，安全性只是相对的，对于一部分人群安全的食品，对另外一部分人不一定安全，如虾、蟹等海鲜食品是大多数人的美味佳肴，但对少数人则产生过敏反应。
有人认为，在批准商品化之前，应该弄清转基因食品安全性的长期效应。但我们都知道，今天所吃的主要食品，在将它们开辟成食物之前，都没有经过毒性检验，也未对它们进行过长期安全效应评价，人们都没有认为这些食品不安全。还有一些已知长期大量食用不利于健康的食品（如高脂肪、高蛋白等），没有人认为应该禁止。
转基因作物大面积种植已超过１０年，食用转基因食品的人群至少已有10亿之多。“经合发展组织”2000年初召开了转基因食品安全性大会，会议代表共400人，包括科研人员、政府官员、企业界人士以及“环境主义”者，会上特别邀请了对转基因食品持反对态度的人士提出证据，但无一人能举出关于转基因食品不安全的任何实例。转基因食品安全性的长期效应由此可见一斑。对待转基因食品安全性比较科学的态度应该是遵循“安全性”的定义，坚持“实质等同”的原则。 | 
