头痛作为一种临床症状，依据不同的标准，可以进行不同的分类。以下这种分类方法是依据头痛的部位、病因和性质来分类的。
(1)头部病变引起的头痛。进一步还可以分为颅内疾病引起的头痛和颅外疾病引起的头痛。
(2)全身疾病引起的头痛。
(3)心源性头痛。
在部位分类的基础上，再加病因和性质，细分如下：
头部疾病引起的头痛：(1)颅内疾病引起的头痛：①颅内感染引起的头痛，②颅内血管病变引起的头痛，③颅内占位病变引起的头痛，④颅脑损伤引起的头痛，⑤偏头痛及其他血管性头痛，⑥癫痫性头痛，⑦低颅压性头痛；(2)颅外疾病引起的头痛：①头皮及颅疾病引起的头痛，②各种神经病引起的头痛，③眼疾性头痛，④鼻疾性头痛，⑤耳源性头痛，⑥口腔源性头痛，⑦肌紧张性头痛，⑧动脉炎引起的头痛。
全身疾病引起的头痛：(1)一般感染性疾病引起的头痛；(2)中毒性疾病引起的头痛；(3)其他系统各种疾病引起的头痛。
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