怀孕期间用药不当是造成畸胎的主要原因，除了遗传基因造成的先天性畸变外，不少药物是致畸的元凶。医学资料分析599例兔唇儿，母亲孕期的前3个月内曾大剂量应用抗生素者，婴儿兔唇发生率显著高于未用抗生素的对照组。
胎儿外生殖器分化是在母体妊娠第9-16周内进行的，此时母体若使用性激素，则会造成两性畸形，发生阴唇、阴囊融合，阴蒂肥大，成为“阴阳人”。
氯氮卓（利眠宁）、地西泮（安定）长期服用者，婴儿兔唇、腭裂的发生率高于未用药者2-4倍。抗抑郁药丙米嗪（安其敏）、氯苯那敏（扑尔敏），亦可致婴儿颜面畸变、腭裂、兔唇、肢体缺损。
女性癫痫患者孕期服用抗惊厥药、抗癫痫药三甲双酮、苯妥英钠；糖尿病患者孕期服用甲磺丁脲；癌症患者孕期使用抗癌药环磷酰胺、氮芥、白消安（马利兰）等，都有可能造成畸胎。绝大多数的抗肿瘤药物都是非特异性的，其细胞毒作用不仅针对肿瘤细胞，也同样作用于正常细胞，所以，大多数的抗各瘤药都可能发生致畸效应。
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