早在10月14日，农业部办公厅新闻办接受某媒体采访时称，高致病性禽流感预防工作形势严峻。其原因在于：周边国家疫情明显扩大；带毒候鸟威胁很大；中国家禽以散养为主，不利于控制。
自从内蒙古出现禽流感疫情之后，国务院召开了防控禽流感会议，提出五条措施防控禽流感。卫生部、农业部、国家质检总局等单位也先后确定了合作机制，国家防控体系严阵以待。
为了更好地控制突发公共卫生事件，卫生部、农业部已经联合下发文件，制定了《卫生部农业部关于人畜共患传染病防治合作机制》。该合作机制要求两部门建立部门例会制度，每季度召开一次；定期通报全国人畜共患传染病的人和动物疫情。发生人畜共患传染病爆发疫情要在接到疑似或确诊报告后24小时之内互相通报，并且根据疫情情况，双方共同组织专家组，开展流行病学调查及实验室检测，并根据调查结果提出防治对策建议。
此外，卫生部还先后与国家质检总局签署《质检总局与卫生部应对口岸公共卫生事件合作机制》，与香港特区政府卫生福利及食物局、澳门特区政府社会文化司共同签署《关于突发公共卫生事件应急机制的合作协议》，以应对禽流感传播。“国家已经有相关的法律保障对突发公共卫生事件的处理。”北京大学法学教授孙东东认为，经过“非典”的教训，国家已经建立了一个应急体系，卫生部、农业部等相关部门都在密切关注此次禽流感疫情的发展，疫情是可控的。目前需要生物学家加强对禽流感这种病毒的研究。
孙东东认为，我国目前还没有出现大规模的禽流感疫情，不必那么紧张。各个地方需要做好监控工作，防止禽流感的传播。
与此同时，不少省市已经开始采取措施，严防禽流感的传播。
北京市确定了八大措施严防禽流感，确保应免疫禽只的免疫率达到或接近100%，并表示必要时会禁止活禽交易。要求各公路、铁路、航空检疫监管站24小时上岗，以防疫情通过流通环节传入。并在全市设立了57个候鸟检测点，监视候鸟越冬状况。
在重庆市，对规模养殖场实行强制免疫，101个检查站24小时拦截入渝可疑动物产品。
上海市对所有海陆空旅客入境通道，全面实施入境人员的鞋底消毒，对来自疫区的肉禽蛋一律销毁。
陕西省要求对省内种禽免疫达到100%，做好病舍消毒工作以及疫情预测预警，此外还要工作人员驻村驻场观察，责任到人密切监视。
此外，香港卫生福利及食物局长周一岳在接收媒体采访时表示，香港或内地若出现禽流感人传人疫情在社区爆发，香港可能需要封闭口岸，以免病毒扩散。
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