有数据显示，在我国公立医院的支出中，政府投入的只占7%，有的三甲医院甚至只有3%，剩下的支出均要靠医院自筹解决。在政府财政投入不足的情况下，医院通过药品价格加成收入弥补其财政投入不足所需的运营和发展费用，在我国被称为“以药养医”。
国家发改委2005年的统计显示，全国医院药品平均进销差率超过42%，而国家规定医院还可以在此基础上加价15%卖给患者。换言之，目前医院实际加价已经是国家规定的近3倍。
《关于改革“以药养医”机制的建议》表示，“以药养医”现行体制下，医院购进的药品价格越高，意味着医院的加价收入就越高，获利越大，这就刺激医院更愿意用高价药。
一支青霉素的价格只有几毛钱，利润极低，没有回扣，医生便使用疗效接近但价格较高的头孢类药物。目前市场上已经有很多廉价药品难觅踪迹，前不久上海一病危儿童需要最普通的抗菌药物“复方磺胺甲噁唑注射剂(复方新诺明)”，竟在全上海找不到。
建议书指出，现行“以药养医”制度使得医疗机构成为逐利机构。医院收入、科室奖金相当一部分来自于药品创收，部分医疗机构和医生在企业的诱惑下，或明或暗地向企业索要回扣。“‘以药养医’的制度不解决，滋生腐败的土壤就不可能铲除，治理商业贿赂的效果也只能是表面的和暂时的。”建议书说。
建议书指出，“以药养医”机制促使医生开大处方，造成药物滥用，不仅加重了医疗负担，同时还增加了药品的毒副作用产生耐药性。世界卫生组织的资料显示，中国国内住院患者的抗生素使用率高达80%，其中使用广谱抗生素和联合使用的约占58%，远高于30%的国际水平。
建议书中说，根据卫生部医院统计数据测算，通过药价加成，全国医院每年的药品加价获利收入500多亿元，医院和医生每年从医药企业获得‘公关费’和‘回扣’也有数百亿元，这些费用以及医院无偿占用医药企业的上千亿元流动资金，维系着医院的运转。
药品必须“公关”和给“回扣”才能进入医院，意味着药品在定价时必须给这部分灰色支出留出空间。而目前国家药品定价机制不合理和权钱交易腐败，恰恰给企业留下了可乘之机。这刺激企业想方设法获得一个较高的国家定价，或者通过注册所谓“新药”绕开国家的价格管制获得较高的自主定价。这也正是药品“降价即死”和催生高价药的根本原因。
